潔凈廠房的核心部位是潔凈室，潔凈空調系統是實現潔凈室控制的主要手段，針對多個空氣潔凈度級別，要對參數進行控制（空氣潔凈度、風量、風速、壓力、溫度、濕度、細菌濃度等）。潔凈室送風和回風設計是直接影響潔凈室潔凈環境的重要因素。

1、回風口位置

《醫藥工業潔凈廠房設計規范》GB50457-2008指出：回風口位置宜遠離潔凈工作臺；易產生污染的工藝設備附近應設排風口；有局部排風裝置或需排風的工藝設備，宜布置在潔凈室下風側。目前常采用非單向流是潔凈室氣流組織方式，高效送風口布置頂送（或側上送）側下回風；高效送風口布置形式為吊頂均布，或是布置于受保護的工藝生產線上方，回風口布置于側墻下方。由于送風口的布置是影響房間氣流組織及空調參數的主要因素，潔凈室回風口布置常存在以下問題：回風口隨意布置于空余墻角或墻邊，忽略了氣流流向對工藝操作面的影響；設計回（排）風口遠離產生污染的工藝設備，這些工藝設備產生的污染空氣會流到相對潔凈區域甚至全潔凈室；回風口布置的太少，回風速度偏大，導致全室空氣流向一處，必然存在死角，潔凈空氣難以到達。

2 回風夾道 

因為潔凈室造價較高，常出現所預留的空調設計空間較小的情況，所以潔凈室空調設計中會出現兩相鄰潔凈室共用同一回風夾道的情況，一般情況下，相鄰潔凈室壓差不同，這樣的設計導致相對壓力值低的潔凈室無法回風，壓力高的房間空氣壓入相對低壓力房間，正壓值不能準確調試，有序的壓力梯度分布保持潔凈室的潔凈度非常重要，而共用回風夾道的設計和可能引起交叉污染。